高千穗神社在這個地區是非常重要的神社，是高千穗十八鄉八十八社的總社。據說有着1900年的歷史。  高千穗神社是日之神天照大神的孫子瓊瓊杵尊統治這個地上界，以祭拜日本皇祖最初的三世代的夫婦神為開端。  同時也祭拜着和瓊瓊杵尊同一個直系的日本第一代天皇的哥哥三毛入野命。當地的人們認為是三毛入野命統治了高千穗。根據當地的傳說，認為是自從三毛入野命消滅了鬼八，把當地的人們從苦海中救出後於是就這樣開始守衛着高千穗。  

現在的本殿是在1778年的時候再建的，以五件流造（正面的柱間為五間的神社的建築樣式）在九州也是代表式的大規模本殿建築。2004年被指定為國家重要文化財產。 在本殿的右邊的墻壁上，有日本最初天皇的哥哥三毛入野命降服荒神鬼八的雕像。據說，人們相信三毛入野命是在弟弟當上天皇後，為了統治高千穗才回來故鄉的。在降服暴君鬼八之後，把它的身體切開三段，分別埋在不同的地方。因為是為了鵜目姬而把鬼八降服，以後他們也就結為了夫妻，二位神仙在一起生了8個孩子。
在高千穗地域，三毛入野命降服了在山裡橫行霸道的鬼八後，被認為是農產業・消灾的神。三毛入野命的傳說與他的家族在高千穗神社裡被大家深深地恭敬着。